微基生物 您自己的微生態(tài)研究團(tuán)隊(duì)|專注微生態(tài)研究與應(yīng)用
期刊：Nature Protocols
發(fā)表時(shí)間：2026年3月
核心亮點(diǎn)：本研究成功搭建SIHUMI簡(jiǎn)化人腸道菌群模型，由7株全基因組測(cè)序、可厭氧培養(yǎng)的人類腸道共生菌組成，通過(guò)種特異性qPCR實(shí)現(xiàn)菌株水平絕對(duì)定量與動(dòng)態(tài)追蹤，可快速評(píng)估營(yíng)養(yǎng)、抗生素等干預(yù)對(duì)菌群結(jié)構(gòu)的影響，模型具備高度可重復(fù)性與可控性。
一、qPCR定量的菌株組成（7株標(biāo)準(zhǔn)菌株）
Escherichia coli LF82、Enterococcus faecalis OG1RF、Lactiplantibacillus plantarum WCFS1、Faecalibacterium duncaniae A2-165、Bifidobacterium longum ATCC 15707、Phocaeicola vulgatus DSM 1447、Mediterraneibacter gnavus ATCC 29149
二、實(shí)驗(yàn)流程總覽
全流程可在1周內(nèi)完成，包含3個(gè)核心階段+1個(gè)可選的種間互作評(píng)估階段。
第一階段：SIHUMI菌株復(fù)蘇與接種液制備（標(biāo)準(zhǔn)化OD校準(zhǔn)，保證接種一致性）
第二階段：對(duì)照/處理組時(shí)間序列樣本采集（0/6/24/48h，覆蓋菌群生長(zhǎng)全周期）
第三階段：基因組DNA提取與種特異性qPCR定量分析（菌株水平精準(zhǔn)定量）
第四階段（可選）：種間互作檢測(cè)與網(wǎng)絡(luò)繪圖（解析菌群互作機(jī)制）
▲從菌株培養(yǎng)、樣本處理、DNA提取、qPCR檢測(cè)到數(shù)據(jù)分析與可視化，微基生物可提供全流程一站式科研服務(wù)，無(wú)需您摸索條件、無(wú)需耗費(fèi)大量時(shí)間，直接交付可靠數(shù)據(jù)與規(guī)范圖表，助力快速發(fā)表高分文章。
三、染料法（SYBR Green）qPCR實(shí)驗(yàn)流程
實(shí)驗(yàn)流程：提取菌株DNA并梯度稀釋制備標(biāo)準(zhǔn)品，配制qPCR體系后上機(jī)擴(kuò)增并做熔解曲線，最后通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算樣本基因組拷貝數(shù)。
優(yōu)缺點(diǎn)：染料法操作簡(jiǎn)單、成本低，只需引物即可實(shí)現(xiàn)菌株水平絕對(duì)定量，準(zhǔn)確度優(yōu)于16S測(cè)序，重復(fù)性好。但特異性一般，易受非特異擴(kuò)增干擾，必須做熔解曲線，不支持多重定量，低豐度菌株定量易偏高。
四、種特異性qPCR定量方法（原文方法vs優(yōu)化方案）
在SIHUMI模型中，qPCR是實(shí)現(xiàn)菌株水平追蹤的核心技術(shù)手段。文獻(xiàn)中采用染料法（SYBR Green）進(jìn)行檢測(cè)，操作簡(jiǎn)便但特異性不足；而在對(duì)準(zhǔn)確性要求較高的研究場(chǎng)景下，探針?lè)ǎ?/span>TaqMan）展現(xiàn)出了無(wú)可比擬的優(yōu)勢(shì)。
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對(duì)比維度 |
文獻(xiàn)—染料法（SYBR Green） |
優(yōu)化方法—探針?lè)ǎ?/span>TaqMan） |
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檢測(cè)原理 |
非特異性嵌入雙鏈DNA發(fā)光，無(wú)法區(qū)分目的/非特異性產(chǎn)物 |
引物+探針雙重特異性識(shí)別，僅目標(biāo)序列被酶切才發(fā)熒光 |
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特異性 |
中等，易受引物二聚體/非特異擴(kuò)增干擾，需熔解曲線驗(yàn)證 |
極高，幾乎無(wú)假陽(yáng)性，復(fù)雜群落背景下干擾極小 |
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靈敏度 |
中，低豐度模板易被背景掩蓋 |
高，可實(shí)現(xiàn)單拷貝/極低豐度精準(zhǔn)定量 |
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定量準(zhǔn)確性 |
易偏高，低豐度菌株測(cè)不準(zhǔn) |
精準(zhǔn)穩(wěn)定，僅目標(biāo)序列產(chǎn)生信號(hào) |
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多重檢測(cè) |
不支持（單一熒光通道） |
支持，單管多色同步定量多菌株菌種 |
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實(shí)驗(yàn)復(fù)雜度 |
低，僅需引物 |
較高，需設(shè)計(jì)高特異性探針 |
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適用場(chǎng)景 |
單一靶標(biāo)、簡(jiǎn)單樣本 |
復(fù)雜菌群、菌株水平絕對(duì)定量 |
五、SIHUMI模型菌株定量升級(jí)解決方案-探針?lè)ǎ═aqMan）
針對(duì)SIHUMI等簡(jiǎn)化人腸道菌群模型、合成菌群體外研究中菌株水平精準(zhǔn)定量難、多重檢測(cè)難、自建體系周期長(zhǎng)等痛點(diǎn)，微基生物可根據(jù)您的研究方向、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、目標(biāo)菌株，量身定制多重菌種特異性qPCR定量試劑盒，并提供配套檢測(cè)服務(wù)，一站式解決技術(shù)難題。示例展示：四重菌種特異性qPCR探針定量檢測(cè)試劑盒擴(kuò)增曲線圖。
本試劑盒采用多色TaqMan探針，單管同步定量4種目標(biāo)菌，各菌株擴(kuò)增曲線獨(dú)立清晰、無(wú)交叉干擾，擴(kuò)增效率高、重復(fù)性優(yōu)異，完全滿足復(fù)雜群落背景下的精準(zhǔn)示蹤需求。
微基生物擁有≥3776種菌種qPCR試劑盒儲(chǔ)備與成熟TaqMan探針設(shè)計(jì)平臺(tái)，可提供種特異性強(qiáng)、多重定量、高靈敏度、無(wú)交叉干擾的一站式檢測(cè)方案。為SIHUMI模型、腸道菌群、合成菌群、體外干預(yù)研究提供穩(wěn)定可靠的分子檢測(cè)支撐，讓實(shí)驗(yàn)更高效、數(shù)據(jù)更可信、成果更快落地高分期刊！咨詢電話：021-50763698
