微基生物｜微生物宏基因組檢測服務(wù)

宏基因組測序以樣本中全部微生物基因組為研究對象，無需分離培養(yǎng)，通過高通量測序全面解析群落組成、物種分類、基因功能、代謝通路，是海洋生態(tài)、腸道微生態(tài)、疾病機制、環(huán)境修復(fù)等領(lǐng)域的核心技術(shù)手段。

微基生物深耕微生物科研十余年，全程提供宏基因組測序—建庫—生信分析—科研支持，已助力客戶發(fā)表多篇高水平論文，覆蓋海洋碳匯、炎癥性腸病、慢性自發(fā)性蕁麻疹等前沿方向，用專業(yè)技術(shù)與成熟方案，為您的科研保駕護(hù)航。

一、客戶高分文章實證：彰顯技術(shù)實力

以下項目的宏基因組測序、文庫構(gòu)建、生信分析、數(shù)據(jù)挖掘、圖表繪制及科研技術(shù)支持，均由微基生物全程提供。

（一）海洋生態(tài)領(lǐng)域：貝類-藻類混養(yǎng)DOC微生物降解機制

發(fā)表期刊：Regional Studies in Marine Science（2024）

研究核心：貝藻混養(yǎng)作為重要藍(lán)色碳匯模式，其釋放溶解性有機碳（DOC）的微生物降解過程與碳匯潛力尚未明確。本研究首次系統(tǒng)解析長牡蠣–裙帶菜混養(yǎng)體系DOC長期微生物降解規(guī)律，為海洋碳匯機制研究提供全新證據(jù)。

研究樣本：長牡蠣、裙帶菜混養(yǎng)海水、自然海水（對照組）
實驗設(shè)計：120天室內(nèi)避光降解實驗，設(shè)置處理組與對照組，多時間點（0/2/4/8/12/20/30/40/65/90/120天）取樣檢測
技術(shù)路線：樣本采集→DNA提取→Illumina NovaSeq 6000測序→宏基因組組裝→基因預(yù)測→KEGG功能注釋→菌群與代謝關(guān)聯(lián)分析

核心結(jié)果

1.貝藻混養(yǎng)DOC濃度呈三階段變化，形成長效碳匯：

120天降解過程中，DOC濃度呈現(xiàn)：快速下降期（RD，0-4天）→緩慢下降期（SD，8-40 天）→穩(wěn)定期（DS，65-120天）的規(guī)律。快速期降解36.31%，緩慢期降解30.88%，穩(wěn)定期僅降解4.05%，最終剩余28.75% DOC，形成可長期儲存的難降解有機碳庫

圖示 1：DOC濃度動態(tài)變化曲線

2.細(xì)菌群落隨DOC降解發(fā)生規(guī)律性演替：

不同降解階段的優(yōu)勢菌群呈現(xiàn)顯著的功能特異性更替：

?快速降解期：α–變形菌綱、γ–變形菌綱主導(dǎo)，負(fù)責(zé)易降解有機物的快速利用

?緩慢降解期：浮霉菌綱占優(yōu)，擅長分解復(fù)雜多糖與難降解有機物

?穩(wěn)定期：菌群結(jié)構(gòu)趨于穩(wěn)定，降解活性顯著降低

圖示 2：細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)演替熱圖（綱水平）

3.DOC降解的微生物代謝功能具有階段特異性：

·快速期：氨基酸代謝活躍，smtA、rbcL等固碳基因高表達(dá)

·緩慢期：碳水化合物代謝增強，負(fù)責(zé)復(fù)雜多糖的分解

·三羧酸循環(huán)（TCA）與DOC濃度呈顯著負(fù)相關(guān)（p<0.001），是DOC礦化的核心通路

圖示 3：KEGG代謝通路熱圖

（二）臨床腸道領(lǐng)域：克羅恩病生物制劑治療應(yīng)答菌群差異

 

發(fā)表期刊：Biomedicines（2025，IF=4.6）

研究核心：生物制劑為克羅恩?。?/span>CD）一線治療方案，但30%-50%患者出現(xiàn)原發(fā)性無應(yīng)答或繼發(fā)性失應(yīng)答。本研究通過長期縱向隨訪，首次揭示不同治療應(yīng)答類型患者腸道菌群特征，為個性化診療提供菌群標(biāo)志物依據(jù)。

研究樣本：16例克羅恩病患者糞便樣本（長期生物制劑治療，分緩解R、輕度活躍mA、緩解轉(zhuǎn)活躍R2A三組）
技術(shù)路線：宏基因組測序→α/β多樣性分析→物種差異篩選→功能富集分析→臨床關(guān)聯(lián)驗證

核心結(jié)果

1.菌群多樣性與治療應(yīng)答直接相關(guān)：

R組與mA組的菌群α多樣性顯著高于R2A組（p<0.05），多樣性越高，治療應(yīng)答越好；R 組與mA組間無顯著差異。

圖示 4：CD患者腸道菌群α多樣性指數(shù)（Shannon、Simpson、Chao1）

2.三組患者菌群結(jié)構(gòu)顯著分離

基于Bray-Curtis距離的PCoA分析顯示，R、mA、R2A三組菌群形成獨立聚類，Adonis檢驗p=9×10^-5，表明不同治療應(yīng)答者的菌群結(jié)構(gòu)存在本質(zhì)差異。

圖示 5：基于Bray-Curtis的PCoA菌群β多樣性

3.篩選到治療應(yīng)答關(guān)鍵菌群標(biāo)志物：

緩解優(yōu)勢菌：Akkermansia muciniphila、Bifidobacterium adolescentis、Megasphaera elsdenii

惡化富集菌：Veillonella parvula、Veillonella atypica、Klebsiella pneumoniae

圖示 6：物種水平差異菌的火山圖/差異倍數(shù)圖

二、宏基因組測序技術(shù)路線

微基生物提供個性化實驗設(shè)計、樣本保存液及采樣指導(dǎo)，搭配標(biāo)準(zhǔn)化實驗操作、多維深度分析與完整報告，同步協(xié)助結(jié)果解讀及圖表修改，全流程省心高效。

咨詢電話：021-50763698

三、參考文獻(xiàn)

1.Hu T, Su J, Shao K, et al. Microbial degradation of DOC released by the mixed culture of Crassostrea gigas and Undaria pinnatifida[J]. Regional Studies in Marine Science, 2024, 79: 103800.

 

2.Zhao X, Xu J, Wu D, et al. Gut Microbiota in Different Treatment Response Types of Crown’s Disease Patients Treated with Biologics over a Long Disease Course[J]. Biomedicines, 2025, 13(3): 708.